Denne kirken er inspirasjon til legender. Kanskje på grunn av sin skjønnhet, kanskje på grunn av manglende fakta er kirken sagnomsust. Hvis du allerede har lest noe, har du kanskje hørt legende om Napoleon. Legenden forteller at under sitt besøk i Vilnius ble han så rørt av dette gotiske monumentet at han ropte: «Jeg ville så gjerne ta denne lille kirken i hånden min og bringe den til Paris!». Dessverre, var det ikke sant for han pleide å frakte kunstverk fra de erobrede landene til Frankrike og var ikke interessert i bedehus, til og med stengte dem. I Den hellige Annas kirke innredet Napoleons soldater et lager og oppbevarte hester der. En annen legende er vanskeligere å benekte. Kirkens arkitekt er ukjent, men i veggen er det murt inn 2 murstein med mesternes tegn som ingen har klart å tyde. Man sier at kirkens skapere var en eldre mester Vaitiekus og en ung lærling Jonas som hadde kritisert sin lærers arbeid med grunnmur. Mesteren ble fornærmet og overlot arbeid til den unge lærlingen som murte en lett øverste del på den jevne nederste delen, laget figurstolper og tre grasiøse fasadetårn. Da ble Vaitiekus misunnelig og dyttet sin lærling fra kirkens tak. Liker du byens legender? Det er 650 skritt til Katedralplassen som forteller legende om Vilnius grunnleggelse.